Wieś Skarżysko została założona przez biskupów krakowskich.

Nie jest znana dokładna data założenia. Powstała ona najpóźniej w połowie XII wieku. W 1179 roku biskup krakowski Gedko, uposażył sprowadzonych z zagranicy cystersów. Nadał im między innymi tereny wokół dzisiejszego Wąchocka. Właśnie Skarżysko znalazło się w pierwotnym uposażeniu zakonu. 1241 roku miał miejsce pierwszy najazd tatarski na ziemie Małopolski. Na szczęście Tatarzy ominęli te tereny. Kolejny najazd z roku 1260 niestety nie ominął naszych ziem. Tatarzy dokonali dużych zniszczeń w Wąchocku a być może i w Skarżysku. Podczas tego najazdu spłonęły dokumenty fundacyjne klasztoru. Uważa się jednak, że dokument ten dokładnie określa nadania na rzecz klasztoru do 1260 roku. W dokumencie tym pada po raz pierwszy nazwa Skarżysko, zapisano je jako Scurzysko. Kilkanaście lat później nazwę zapisano w dokumentach jako KarAycsko. Nazwa wsi pochodzi od imienia starosłowiańskiego „Karsz". Gdy Cystersi z Wąchocka otrzymali te ziemie, były to tylko ogromne obszary puszczy. Wieś Skarżysko sąsiadowała ze Skarżyskiem Książęcym, należącym do Szydłowieckich. Teren pograniczny był bardzo bagnisty. Mieszkańcy Lipowego Pola czy Skarżyska Kościelnego często przekraczali umowną granicę na rzece Oleśnica i zakładali pola po drugiej stronie. To samo czynili chłopi ze Skarżyska Książęcego. Pierwsze uregulowania tych kwestii pojawiły się w 1514 roku. Stwierdzono w tym czasie, iż granica przebiega wzdłuż Oleśnicy aż do jej ujścia do Kamiennej. Jednak to wytyczenie granic nie zapobiegło konfliktom granicznym. Toczyły się one przed sądami różnych instancji aż do XVIII wieku. Według Jana Długosza (stan na drugą połowę XV wieku) Skarżysko liczyło 8 łanów ziemi. Mieszkańcy płacili po 12 groszy z lana podatku. Oddawali ponad to na rzecz klasztoru po 30 jaj i po 4 koguty z lana. W Skarżysku za czasów Długosza istniały 3 karczmy. Kmiecie w tej wsi zobowiązani byli do pracy na polach klasztornych po jednym dniu w tygodniu przy pomocy własnych narzędzi. W Skarżysku aż do 1819 roku istniał folwark klasztorny. W 1569 roku wieś liczyła 3 łany ziemi. Oprócz kmieci we wsi mieszkało 3 zagrodników, 2 rzemieślników i 5 komorników.
W 1637 roku staraniem opatów wąchockich w Skarżysku Kościelnym powstał kościół parafialny. Do-tychczas wieś należała do parafii Wąchock. Pleban w Skarżysku posiadał liczne dobra ziemskie w okolicy, nadane podczas konsekracji kościoła jak i później (Plebańskie Pole). Do kościoła należała ziemia znajdująca się od cmentarza aż do Grzybowej Góry (10 mórg). Zamieszkujący te ziemie chłopi przyna-leżeli do miejscowego kościoła. W 1657 roku pleban ze Skarżyska posiadał 14 poddanych. Każdy z nią zobowiązany był do pracy po półtorej dnia na polach plebańskich. W 1844 i plebani należało już 30 poddanych. Wieś szybko się rozrastała. W spisie kościelnym z 1787 roku odnajdujemy informacje, że w Skarżysku mieszkało już 319 osób. Według opisu dóbr opatów wąchockich z 1819 roku istniał zarzą-dzany bezpośrednio przez mnichów folwark Skarżysko. Lustracja zachowała nazwiska pracowników folwarcznych byli to: ekonom I. Janger, karbowy J. Kuchta, polowy F. Sieczka, fornal Stanisław Skórek i pastuch M. Sieczka. Natomiast w Wąchocku w siedzibie opactwa pracowali dwaj chłopi pochodzący ze Skarżyska: Joachim Dziekanowicz i Jan Woźniak.
Po 1819 roku Skarżysko jaki i inne wsie klasztorne stały się częścią dóbr rządowych w ramach Ekonomi Bodzentyńskiej. W 1827 roku Skarżysko liczyło już 46 domów i 341 mieszkańców. Według opisu powia-tu radomskiego z 1847 roku wieś leżała w „gruntach dobrych i równych z lasami lakami i stawem". Roz-wój Staropolskiego Okręgu Przemysłowego opierał się w dużym stopniu na pracy chłopów z wsi rządo-wych. Nadzorcami byli urzędnicy rządowi, którzy często nadużywali swojej władzy. W połowie XIX wieku wobec braku reakcji na skargi, chłopi ze Skarżyska odmówili pracy. W latach sześćdziesiątych i sie-demdziesiątych XIX wieku w dobrach rządowych przystąpiono do planowanego wytyczenia wsi. Wyzna-czono drogi krzyżujące się pod kątem prostym. Wytyczono działki rolnicze, siedzibę dla urzędu gminy, miejsce na szkołę i dwie karczmy. Obecny układ przestrzenny wsi, mający charakter planowy, pochodzi właśnie z tamtych czasów.
Po powstaniu styczniowym w Skarżysku utworzono urząd gminy (1867) obejmujący okoliczne wsie, były to następujące wsie i osady: Grzybowa Góra, Jagodne, Lipowe Pole, Lipowe Pole- Plebania, Łyżwy, Majków, Michałów, Nowy Młyn, Skarżysko - Kościelne, Świerczek, Szczepanów, Usłów i Wężyk. Gmina leżała w powiecie iłżeckim. W 1889 roku obok wsi Skarżysko istniał folwark szlachecki. Obszary dwor-skie obejmowały 272 morgi ziemi. Reszta czyli 1337 mórg to była ziemia chłopska. W tymże roku w Skarżysku stało 94 domy. Ludność wsi liczyła 659 mieszkańców. Obszar gminy obejmował 6327 mórg ziemi. Ludność gminy w 1884 roku liczyła 7 357 mieszkańców. W 1914 we wsi stało 142 domy. W okresie międzywojennym Skarżysko Kościelne leżało w powiecie iłżeckim. Właścicielem ziemskim w gminie był Jan Mucha. Jego folwark liczył 162 ha ziemi. Skarżysko Kościelne było ważnym ośrodkiem rzemieślniczym w okolicy. W Skarżysku był sklep z nasionami W. Miarczyńskiego oraz sklep z artykułami tytoniowymi P. Radomskiego. W okolicy było kilka młynów. Jeden z nich, leżał w osadzie zwanej Nowy Młyn, drugi młyn położony był w Szczepanowie, trzeci młyn położony w Olszance, czwarty był własnością L. Wiatra a piąty A. Zabuszczańskiego. Sklepy spożywcze we wsi posiadał W. Stefański. Wiatrak w Skarżysku posiadał J. Kowalik. Wieś Skarżysko Kościelne była dużą miejscowością, liczącą w 1929 roku 1338 mieszkańców. W 1938 roku Skarżysko Kościelne liczyło 232 domy.